En alineación con el Plan Estatal de Desarrollo, los Programas presupuestarios (subprogramas) que integran los Programas Sectoriales, son evaluados en su desempeño, mediante la verificación del alcance de las metas y objetivos establecidos en cada uno de ellos, que se realiza con monitoreo de indicadores diseñados en los distintos niveles que conforman la MIR: Fin, Propósito, Componente y Actividad.
Los trabajos relacionados con el registro y actualización de las MIR, fueron sistematizados con el desarrollo del Módulo de Evaluación del Desempeño dentro del sistema SIIPPED, el cual contempla la generación de cada instrumento establecido por la Metodología del Marco Lógico (MML), en concordancia con los parámetros que dicta el Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social (CONEVAL) y la Unidad de Evaluación del Desempeño (UED) adscrita a la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP).